江戸川コナン

黒の組織 (メインストーリー)

コナンの物語の根幹。新一を幼児化させた謎の犯罪組織と、その壊滅を目指す長期ストーリーライン。組織コードネームは酒の名前(ジン・ウォッカ・ベルモット・バーボン・キール等)で、ボスは『あの方』。FBI・公安・コナン陣営の三つ巴の戦い。

新一のコナン化 (オリジン)

第1話で工藤新一がトロピカルランドでジンとウォッカに目撃され、APTX4869を投与されて幼児化。江戸川コナンとして毛利探偵事務所に居候を始めるオリジン。

漆黒の特急 (ミステリートレイン)

TV第701-704話の連続4部作「発車」「隧道」「交差」「終点」。豪華寝台特急『ミステリートレイン』を舞台に、ベルモット・バーボン・キール・赤井ファミリー・公安が交錯。世良真純の素性に絡み、バーボン=安室透の正体が初めて明かされる重要編。

新一と蘭の恋

工藤新一と毛利蘭の恋愛サイドストーリー。蘭は新一の正体に何度も気付きかけて誤魔化される、新一はコナンの姿のままで蘭に思いを伝えられない。ロンドン編で告白、京都・USJ・ハワイなどで進展。

少年探偵団

コナン・灰原・歩美・元太・光彦の小学校1年生5人組。阿笠博士をリーダーに事件を解決し、独自の活躍を見せる。映画5『天国へのカウントダウン』、映画6『ベイカー街の亡霊』、映画11『紺碧の棺』など少年探偵団メイン回。

工藤家・新一の両親

ミステリー作家の父・工藤優作と元女優の母・工藤有希子。米国・ロサンゼルスに居住し、息子コナン(新一)の事情を理解する数少ない大人。映画6『ベイカー街の亡霊』で本格活躍。

命がけの復活シリーズ

第188-193話の連続6部作。コナンが灰原の試作した解毒剤で一時的に新一の姿に戻り、蘭との関係に大きな進展を見せる。同時にジョディ先生の不審な動きが描かれ、ベルモット編の本格始動を告げる重要シリーズ。

ホームズの黙示録(ロンドン編)

第616-621話の連続6部作。ロンドンを舞台にした大長編で、シャーロック・ホームズ博物館・ビッグベン・ウィンブルドンなど名所が登場。ハーデス・サバラによる予告殺人事件を追う中、新一と蘭の関係に大きな進展がある組織編とは別軸の最重要恋愛回。

闇に届く呼び声(危機呼ぶ赤い前兆)

第578-581話の連続4部作『危機呼ぶ赤い前兆』『紅葉舞う赤い疑惑』『黄昏に響く赤い咆哮』『赤く揺れる照準』。バーボン編へ繋がる重要な序章で、黒の組織がコナンたちに接近する緊張感あふれる長編。赤井秀一に関する謎めいた演出が随所に散りばめられ、コナン陣営に組織の影が再び迫る。