工藤新一

新一のコナン化 (オリジン)

第1話で工藤新一がトロピカルランドでジンとウォッカに目撃され、APTX4869を投与されて幼児化。江戸川コナンとして毛利探偵事務所に居候を始めるオリジン。

新一と蘭の恋

工藤新一と毛利蘭の恋愛サイドストーリー。蘭は新一の正体に何度も気付きかけて誤魔化される、新一はコナンの姿のままで蘭に思いを伝えられない。ロンドン編で告白、京都・USJ・ハワイなどで進展。

工藤家・新一の両親

ミステリー作家の父・工藤優作と元女優の母・工藤有希子。米国・ロサンゼルスに居住し、息子コナン(新一)の事情を理解する数少ない大人。映画6『ベイカー街の亡霊』で本格活躍。

黒の組織：ベルモット編

黒の組織の変装の達人・ベルモット(クリス・ヴィンヤード)を中心とする長期シリーズ。『命がけの復活』(188-193)でジョディ先生として暗躍を開始し、『工藤新一NYの事件』(286-288)で過去の因縁が明かされ、『黒の組織と真っ向勝負 満月の夜の二元ミステリー』(345)で正体が露わに。コナン=新一・灰原=シェリーの正体を知る唯一のメンバーで、なぜか彼らを守る『あの方のお気に入り』の謎を持つ。

命がけの復活シリーズ

第188-193話の連続6部作。コナンが灰原の試作した解毒剤で一時的に新一の姿に戻り、蘭との関係に大きな進展を見せる。同時にジョディ先生の不審な動きが描かれ、ベルモット編の本格始動を告げる重要シリーズ。

工藤新一NYの事件

第286-288話。中学時代の新一と蘭がニューヨークを訪れた際に遭遇した連続殺人事件を回想形式で描く。ベルモットと赤井秀一の因縁、ベルモットが蘭を『エンジェル』と呼ぶ理由、ジョディの過去など、組織編の重要な伏線が一気に明かされる回。

ホームズの黙示録(ロンドン編)

第616-621話の連続6部作。ロンドンを舞台にした大長編で、シャーロック・ホームズ博物館・ビッグベン・ウィンブルドンなど名所が登場。ハーデス・サバラによる予告殺人事件を追う中、新一と蘭の関係に大きな進展がある組織編とは別軸の最重要恋愛回。

紅の修学旅行編

第927-928話の2週連続1時間スペシャル(原作1000話記念)。京都での修学旅行を舞台にした天狗殺人事件と、新一・蘭の関係性の大きな進展が描かれる恋愛軸の到達点。服部平次・大岡紅葉・沖田総司も登場し、ラム候補3人の動向も描かれる。

大岡紅葉登場回

服部平次の婚約者を自称する京都の名家・大岡家の令嬢、大岡紅葉が登場するシリーズ。劇場版『から紅の恋歌』の前後でアニメ初登場し、平次・和葉の三角関係を引っ掻き回す。『恋と推理の剣道大会』で沖田総司との関係も描かれ、関西キャラの輪を広げる。