ジン

黒の組織 (メインストーリー)

コナンの物語の根幹。新一を幼児化させた謎の犯罪組織と、その壊滅を目指す長期ストーリーライン。組織コードネームは酒の名前(ジン・ウォッカ・ベルモット・バーボン・キール等)で、ボスは『あの方』。FBI・公安・コナン陣営の三つ巴の戦い。

灰原哀・APTX4869

黒の組織でAPTX4869を開発した宮野志保(シェリー)が組織を裏切り、自ら毒薬を飲んで幼児化、灰原哀として阿笠博士に保護される。コナンと並ぶ組織情報の核心。

赤と黒のクラッシュ (7部作)

TV第491-504話の連続7部作。赤井秀一とジンが直接対峙する組織編の集大成。組織内部の動きと水無怜奈(キール)の真の所属が明らかになる重要編。

緋色シリーズ (5部作)

TV第779-783話「緋色の序章」「緋色の追求」「緋色の交錯」「緋色の帰還」「緋色の真相」の5部作。死んだはずの赤井秀一が『沖矢昴』として偽装生存していた真実が完全に明かされ、安室透との因縁が頂点に達する組織編の山場。映画24『緋色の弾丸』の直接の前提。

黒の組織：キール編

日本テレビのアナウンサー・水無怜奈の正体を巡るシリーズ。第425話『ブラックインパクト！組織の手が届く瞬間』で組織との接触が明かされ、彼女が組織のメンバー『キール』なのか、それとも別の組織のスパイなのかを巡って物語が展開。最終的に『赤と黒のクラッシュ』へ繋がる重要な前哨戦。

黒の組織：ラム(RUM)編

黒の組織のNo.2『ラム』を巡る最新シリーズ。3人のラム候補(黒田兵衛・若狭留美・脇田兼則)が登場し、17年前の羽田浩司殺人事件の真相と絡みながら物語が進行。第1077-1079話『黒ずくめの謀略』でついにラムの正体が判明する組織編の最新到達点。

闇に届く呼び声(危機呼ぶ赤い前兆)

第578-581話の連続4部作『危機呼ぶ赤い前兆』『紅葉舞う赤い疑惑』『黄昏に響く赤い咆哮』『赤く揺れる照準』。バーボン編へ繋がる重要な序章で、黒の組織がコナンたちに接近する緊張感あふれる長編。赤井秀一に関する謎めいた演出が随所に散りばめられ、コナン陣営に組織の影が再び迫る。

キュラソー編

第717-718話『さざ波の魔法使い』。劇場版『純黒の悪夢』のキャラクター・キュラソーをアニメ本編に逆輸入したエピソード。組織のラム直属の部下として登場し、少年探偵団と関わる。映画前後の予習に最適。