シーズン4

帝丹小学校に転校生・灰原哀が現れ、コナンに正体を見抜いていることを示す。少年探偵団は「兄が行方不明」という少年の依頼から偽札事件にたどり着き、兄を救い出す。その後、灰原は自分が黒の組織の元研究員でAPTX4869の開発者だったこと、組織を裏切って服毒し幼児化したことをコナンに明かす。姉が遺した組織のデータを追って恩師の大学教授宅を訪ねるが、教授はすでに殺害されていた。灰原哀の初登場となる2時間スペシャル。

少年探偵団とサッカースタジアムで試合を観戦していたコナンは、ボールが拳銃で撃たれたことに気づく。犯人はテレビ局に電話をかけ、身代金を払わなければ観客席から無差別に人を撃つと脅迫してくる。コナンは、銃を持つ実行犯と、観察して電話をかける協力者の2人組だと見抜く。佐藤美和子刑事の初登場回でもある前編。

競技場で起きた無差別脅迫事件・後編「競技場無差別脅迫事件」。観客動員数の多いスタジアムでの脅迫の意図と犯人の動機を、コナンが警備の死角から導き出す完結回。

コナンと毛利一家が招かれた屋敷の主は、アマチュアマジック愛好家の老富豪。集まったメンバーもみな手品好きという集会の最中、密室で殺人事件が発生する。誰もが「これも手品の演出ではないか」と疑う中、コナンは事件の異常さに気づく。マジックと殺人が交錯する3部作の序章。

密室殺人の謎を解くべく、コナンは屋敷に集まったマジック愛好家たちに個別に話を聞いていく。それぞれが披露する手品の数々と、その裏に隠された動機の影。容疑者が一人ずつ浮かび上がっては消えていく中、第2の事件への不穏な気配が漂い始める疑惑編。

コナンが密室と連続事件の全貌を解き明かす解決編。マジシャンたちが日々追求していた「観客を欺くテクニック」が、そのまま殺人トリックとして応用されていた真相が明かされる。手品の発想と殺人計画が見事に重なり合う、初期屈指の本格3部作の完結編。

事件後に凶器が現場周辺から消える「消えた凶器捜索事件」。凶器の隠し場所と犯人の心理を、コナンが現場の地形と隠匿の動機から推理する一話。

青く塗られた古城を巡る冒険的事件・前編「青の古城探索事件」。城の構造・隠し部屋・伝承を、少年探偵団も巻き込んで探索する冒険ミステリー導入回。

青の古城探索事件・後編。コナンは古城に残された手がかりと現代の事件を結びつけ、長い歴史の中に隠された秘密を解き明かす完結回。

映画館の最終上映で起きた殺人事件・前編「最後の上映殺人事件」。映写室・スクリーン・客席という映画館特有の空間を、コナンが手がかりとして整理する。

最後の上映殺人事件・後編。コナンは上映フィルムの時刻と客席の照明、観客の動線から、犯人が「映画を観ていたフリ」をしていたトリックを暴く完結回。

誘拐された歩美が、機転を利かせて少しずつ手がかりを残し、コナンたちに居場所を知らせようとする緊迫の一編。歩美の勇気ある行動に焦りながらも、断片的なメッセージから少しずつ犯人と監禁場所を絞り込んでいくコナンたち。歩美の頑張りと仲間たちの結束が光る、彼女が主役を張る代表回として人気の高い名作。

結婚式前夜に起きた密室殺人事件・前編「結婚前夜の密室事件」。祝賀ムードの宿泊先で発覚した不可解な死。新郎新婦・親族・友人それぞれの想いをコナンが整理し始める。

結婚前夜の密室事件・後編。コナンは密室を成立させたトリックと、結婚を控えた誰かが抱えていた重い秘密を明らかにする。式を直前に控えた重厚な人間ドラマ完結回。

夜空を観測する天体観測会で起きた事件「疑惑の天体観測」。望遠鏡の角度・観測時刻・星の位置という独特の手がかりを、コナンが天文学的視点で読み解く一話。

北海道に招待されたコナン・蘭・小五郎は寝台特急「北斗星3号」のA寝台で優雅な列車旅を楽しむはずだった。食堂車で出会った宝石店オーナーは「強盗を撃退した英雄」として話題の人物だったが、乗客の一人に射殺される。コナンは宝石強盗とこの殺人事件が幼い頃に読んだ父・優作の未発表小説と同じ筋書きだと気づく。**工藤有希子が変装姿で乗車していた**重要回（前編）。

寝台特急「上野発北斗星3号」を舞台にした殺人事件・後編。長距離列車の密閉空間と乗務員・乗客の動線を、コナンが時刻表通りに整理して犯人を特定する完結回。

コナンたちは証言のため警視庁本庁を訪れる。そこで高木刑事が先輩・佐藤美和子刑事に密かに恋心を抱いていることが描かれる。銀行強盗犯の連行中、犯人が逃走し、追って入った杯戸美術館で佐藤は手違いから犯人と一緒にトイレで手錠で繋がれて動けなくなる前編。後の人気シリーズ「本庁の刑事恋物語」第1作。

佐藤刑事に逮捕された被疑者が無実を訴え、それを証明するため再調査を始めた高木刑事とコナンたちは真犯人を見つける。しかし杯戸美術館は阿笠博士の解体ショーで爆破される予定で、ギリギリで気づき爆破を阻止——佐藤刑事と被疑者は助かる。高木と佐藤の恋がスタートする記念すべき後編。

走行中の路面電車が突然急停止する事件「路面電車急停止事件」。電車の制動装置と乗客の証言、車両の位置を、コナンが鉄道工学的視点で検証する一話。

遊園地のバンジージャンプ施設で起きた事件「遊園地バンジー事件」。スリル満点のアトラクションが事件現場となる衝撃。安全装置と心理的駆け引きをコナンが解き明かす。

自動車の爆発事件の真相を追う前編「自動車爆発事件の真相」。爆発物の専門知識と現場の状況、被害者の人間関係を、コナンが地道に整理していく重厚な導入回。

自動車爆発事件の真相・後編。コナンは起爆装置の仕組みと設置のタイミング、被害者の最後の行動から犯人の正体を導き出す。緊迫感ある完結回。

謎の老人が失踪する事件「謎の老人失踪事件」。高齢者の生活サイクルと、本人の意思か他者の介入かを、コナンが家族の証言と物的証拠から判断していく一話。

蘭とコナンを誘って伊豆の海岸にやってきた園子の目的は「男探し」。今回はわざと古びた旅館に泊まってお嬢様イメージを払拭しようと涙ぐましい努力を重ねる。そんな園子にキザな大学生・道脇が言い寄ってくる。道脇は園子たちをレストランに誘い、1年前の女性刺殺事件を話して聞かせる。茶髪の女性ばかりが殺害される事件が起きており、同じ茶髪の園子は恐怖を覚える前編。

園子は旅館で男が自分の荷物を漁っている場面に出くわす。茶髪の連続殺人事件の犯人は誰なのか——コナンの推理で真相が明らかに。この事件をきっかけに、園子の運命を変える「ある人物」との接点が描かれていく重要なシリーズの後編。

水中で施錠された鍵を巡る密室事件「水中の鍵密室事件」。水の特性と密室成立の条件を、コナンが物理的に検証する一風変わったタイプのミステリー。

佐藤刑事と高木刑事の関係が一歩前進する「本庁の刑事恋物語」シリーズ第2作前編。捜査の最中、危険な状況に陥った高木刑事を佐藤刑事が助ける――そんなドキドキの展開と本格的な殺人事件捜査が同時進行する。シリーズ恒例の刑事ラブ要素と本格推理が組み合わさった人気シリーズの一編。

本庁の刑事恋物語2の後編。事件の真相が明らかになる解決編と並行して、佐藤・高木の関係性にも進展が見られる。仕事中はクールに振る舞いながらも、ふとした瞬間に見せる二人の表情が見どころ。シリーズファンには欠かせない刑事ラブ進展回の前後編。

都市の環状線で起きた静かな事件「沈黙の環状線」。電車内の閉ざされた空気と、各駅の停車時刻を、コナンが鉄道の運行ダイヤと共に整理して犯人を絞り込む一話。

古都に建つ歴史ある五重塔にまつわる怪奇現象と、そこで発生する不可解な事件。塔の修復作業中に発見された奇妙な仕掛けと、地元に古くから伝わる「五重塔の祟り」の伝説が交錯する。伝統建築の美しさと不穏な空気が混じり合う観光ミステリー2部作の前編。

五重塔の事件の真相が明らかになる後編。塔に隠された歴史的な秘密と、現代の事件をつなぐ意外な関係性が暴かれる。古都の建築技術や歴史への深い知識を絡めながら、コナンが「祟り」の真相を解き明かす伝説SP完結編。

料亭「流水亭」を舞台にした殺人事件「流水亭に流れる殺意」。庭園を流れる水の音と、和食の供し方、女将と仲居の動きが、コナンの推理対象になる粋な一話。

コナンが新一だった頃の中学時代を回想する一編。修学旅行先のロサンゼルスで、新一は機内で発生した殺人事件に遭遇する。乗り合わせた俳優・シャラク・ジュニアの協力を得ながら、密室状況の謎を解き明かしていく。蘭との関係性や、新一が「名探偵」として注目される前の原点を描いた重要なエピソード。後の「工藤新一NYの事件」への伏線も含まれる。

天文の象徴である「月・星・太陽」が事件のキーになる前編「月と星と太陽の秘密」。天体それぞれが暗号として機能し、コナンが文化的解釈と物理的観測を組み合わせて推理する。

月と星と太陽の秘密・後編。コナンは三つの天体が示す位置関係と、関係者の名前・性格との符合から、犯人だけが取れた行動を導き出す完結回。

町内子供会の人形劇を任された少年探偵団は、演出担当の青年・海部と高原のペンションで合宿を行う。人形劇の台本はアガサ・クリスティ『そして誰もいなくなった』を元に、ある島に招かれた人たちが一人ずつ殺害されていく物語。休憩後、三丁目の子供たちと演出の青年が忽然と消え、人形まで消失する。アニメオリジナル。

鳥取の山奥にある「クモ屋敷」と呼ばれる旧家に招かれた毛利一行。地元に古くから伝わるクモにまつわる怪談と、屋敷の主が語る奇妙な家訓に包まれる中、滞在初日の夜に屋敷の住人が殺害される。土俗信仰と現代の事件が絡み合う鳥取SP3部作の事件編。

クモ屋敷の住人たちの間に長年燻り続けてきた確執が次々と明らかになる疑惑編。地元の妖怪伝説と、現在進行している事件の手口が奇妙に符合していく。屋敷を取り囲む鬱蒼とした森と、住人たちの隠された秘密がコナンの推理を阻もうとする。

鳥取クモ屋敷の事件の全貌が明らかになる解決編。地元の妖怪伝説の本当の意味と、屋敷に長年蓄積されてきた一族の業が暴かれる。土俗的な雰囲気の中で繰り広げられる本格推理と、人間の暗い情念を描いた重厚なシリーズ完結編。

愛と美の女神に纏わるキスがキーとなる一話「ビーナスのキッス」。ロマンチックなモチーフと現代の事件が結びつき、コナンが芸術的視点と現実的視点の両方で推理する。

視界が利かない暗闇に潜む死角を巡る前編「暗闇の中の死角」。光と影の境界が事件解決の鍵となり、コナンが照明の位置と人物の影から手がかりを集める。

暗闇の中の死角・後編。コナンは光源の角度と影の長さ、人物の身長差から、犯人だけが「見えなかった位置」にいたことを論証する完結回。

被害者が残した最後のメッセージが事件解決のキーになる前編「よみがえる死の伝言」。文字・形・色という様々な手段で残されたダイイング・メッセージをコナンが読み解く。

よみがえる死の伝言・後編。コナンはメッセージの真意と、被害者がそれを残した時の状況を組み合わせ、犯人を特定する。古典ミステリー要素満載の完結回。