シーズン3

誘拐現場の特定が難航する事件「誘拐現場特定事件」。電話の背景音や場所を示すヒントから、コナンが現場を逆算して被害者を救出する緊迫の一話。

「鶴の恩返し」になぞらえた殺人事件「鶴の恩返し殺人事件」。日本の昔話のモチーフと現代の犯行が結びつく構造を、コナンが文学的素養と推理で解き明かす一話。

ドラキュラを思わせる古い洋館「ドラキュラ荘」で起きる殺人事件・前編。古城風の建物・血のような赤い装飾・不気味な雰囲気の中、コナンが冷静に手がかりを集め始める。

ドラキュラ荘殺人事件・後編。コナンは洋館の構造と住人たちの夜行性の生活サイクルから、犯人が「ドラキュラ伝説」を利用したトリックを暴く完結回。

香水や花の香りが事件解決の鍵になる「花の香り殺人事件」。嗅覚という非視覚的な手がかりを、コナンが現場の空気の流れと共に整理して犯人を特定する一話。

強盗犯人が怪我をして入院する事件「強盗犯人入院事件」。病室という限定された空間と、犯人を見張る警察の連携、容態の変化が事件の核となる初期回。

山岳地帯のトラヴァース（横断登山）で起きる殺人事件・前編「恐怖のトラヴァース殺人事件」。険しい山道と岩場という危険な環境で、登山者たちの命と本格ミステリーが交差する。

恐怖のトラヴァース殺人事件・後編。コナンは岩壁のホールド位置と登山ルートの選択から、犯人が「同行していない時間」を作り出したトリックを暴く山岳ミステリー完結回。

雪深い山里に伝わる「雪女」の伝説――白装束の女性に魅入られた者は命を落とすという。毛利一家とコナンが訪れた山宿で、まさに雪女が現れたかのような状況で殺人事件が発生する。雪に閉ざされた幻想的な舞台と不気味な伝承が織り交ぜられた初期の名作。

小五郎のデート中に巻き込まれる殺人事件「小五郎のデート殺人事件」。普段とは違うシチュエーションで、デート相手と事件の双方に翻弄される小五郎をコナンがサポートする一話。

2時間スペシャル。前半は妃英理の紹介で訪れた依頼人の夫——世界的マジシャン・九十九元康の変死の謎を解明。後半は工藤有希子の幼なじみ・広美に頼まれて訪れた籔内家で、遺産相続の最中に後妻・真知子が殺害される。コナンの正体が蘭にバレそうになる場面もあり、蘭が「コナン＝新一」の確信を強める重要回。

別れの席で振る舞われたワインが凶器となる事件「別れのワイン殺人事件」。記念日や送別会という感情的な場面と、ワインの銘柄・ヴィンテージの知識が手がかりとなる一話。

陶芸の名家を舞台にした殺人事件・前編「名陶芸家殺人事件」。窯元・作陶の工程・弟子たちの確執が描かれ、土と炎の世界に潜む殺意をコナンが察知する。

名陶芸家殺人事件・後編。コナンは窯の温度・釉薬の調合・轆轤の使い方から、犯人だけが取れた行動を絞り込む。伝統工芸×本格ミステリーの完結回。

記念すべき第100話「初恋の人想い出事件」前編。新一・蘭・幼馴染にまつわる初恋の記憶と、現代の事件が結びつく重要な記念回。蘭の心情に寄り添う温かな導入。

初恋の人想い出事件・後編。コナンは過去の記憶と現在の事件の符合を整理し、初恋の人物に纏わる真相を解き明かす。第100話続編の感動的な完結回。

時代劇俳優が殺害される事件・前編「時代劇俳優殺人事件」。撮影所・着物・殺陣の所作という時代劇ならではの世界観の中で、コナンが現代の事件と古典的トリックを推理する。

時代劇俳優殺人事件・後編。コナンは殺陣の動きと衣装の細部から、犯人だけが取れた行動を導き出す。時代劇世界×本格ミステリーの完結回。

盗賊団が活動拠点とする謎の洋館を巡る事件・前編「盗賊団謎の洋館事件」。秘密の通路や暗号、盗賊団の組織構造がコナンの推理対象となる冒険要素豊富な一話。

盗賊団謎の洋館事件・後編。コナンは洋館の隠し部屋と盗賊たちの動線を解明し、組織のリーダーと目的を暴く完結回。

スクープを狙うカメラマンが殺害される事件「スクープ写真殺人事件」。報道写真の現場と、撮影されたはずの決定的瞬間が事件の鍵となる初期の名作。

「モグラ星人」と称する不思議な人物を巡る事件・前編「モグラ星人謎の事件」。SF的な要素と現実の事件が交差し、コナンが冷静に現実的な解釈を導く一話。

モグラ星人謎の事件・後編。コナンは「モグラ星人」を名乗る人物の正体と、SF的な装いの裏にある人間的な動機を解き明かす完結回。

街で歩美が赤いスポーツカーにはねられ、車はそのまま走り去ってしまう。コナンと少年探偵団はスケボーで車を追いかけるが、運転していた男はなぜか自ら警察に出頭する。ほどなく近くの工場で、この男を解雇した社長が遺体で見つかり、推定犯行時刻はちょうどコナンたちが追跡していた最中だった。ひき逃げと殺人が奇妙に重なる、少年探偵団のアニメオリジナル回。

料理教室で起きた殺人事件・前編「料理教室殺人事件」。包丁・コンロ・食材という調理器具が手がかりとなり、教室の中の人間関係をコナンが観察し始める。

料理教室殺人事件・後編。コナンは食材の使用順と調理器具の配置、参加者の動線から、犯人が「料理を作っていたフリ」をしたトリックを暴く完結回。

帝丹小学校に伝わる七不思議を巡る事件「帝丹小7不思議事件」。少年探偵団が憧れる学校怪談と、その裏に潜む現実の事件をコナンが解き明かす学園色の強い一話。

夏の白い砂浜で起きた殺人事件「白い砂浜殺人事件」。波打ち際の足跡と日差し・潮位の関係を、コナンが地形と気象から検証する季節感あふれる一話。

スキューバダイビング中に起きた殺人事件・前編「スキューバダイビング殺人事件」。水中という特殊な環境とダイビング機材の使い方、ボンベの残量が事件解決の鍵となる。

スキューバダイビング殺人事件・後編。コナンはボンベの空気残量と潜水深度・時間から、犯人が水中で取れた行動を割り出す海洋ミステリー完結回。

ミステリー作家が失踪する事件・前編「ミステリー作家失踪事件」。作家の作品と現実の失踪がリンクする構造を、コナンが文学的視点から読み解く一話。

ミステリー作家失踪事件・後編。コナンは作家の未発表作品と書斎の状況から、失踪の真相と隠された真意を明らかにする完結回。

コナンと毛利一家が大阪を訪れた際、宿泊先で発生した連続殺人事件に巻き込まれる。事件解決のため現場に現れたのは、自称「西の高校生探偵」服部平次。コナンの正体を見破ろうと挑発する平次と推理を競い合うことになり、二人の本格的なライバル関係が始まる。平次の幼馴染・遠山和葉も初登場し、コナンと平次の運命的な出会いを描いた記念碑的な回。

コナンや少年探偵団が好きな特撮ヒーロー「仮面ヤイバー」絡みの殺人事件「仮面ヤイバー殺人事件」。撮影現場やイベントを舞台にコナンが推理を展開する一話。

甘いカクテルが凶器となる事件「ハニーカクテル殺人事件」。バーの空間とカクテルの調合・グラスの種類が手がかりとなる大人な雰囲気の初期ミステリー。

バスルームの密室殺人事件・前編「バスルーム密室事件」。施錠された浴室と、被害者の死亡推定時刻、湯気の状態を、コナンが密室トリックとして整理し始める。

バスルーム密室事件・後編。コナンは浴室の換気扇の風量と湯張りの時刻、施錠の仕組みから、犯人が密室を成立させた巧妙なトリックを暴く完結回。

お天気キャスター・亜紀から、毛利探偵事務所の留守番電話に相談のメッセージが残されていた。小五郎は不在のため、コナンと少年探偵団が代わりに日売テレビを訪ねるが、亜紀は本番前に電話を受けて席を外したまま戻らず、そのまま誘拐されてしまう。やがてコナンのポケベルに断片的な数字のメッセージが届き、コナンはその数字の意味を読み解こうとする。アニメオリジナルの誘拐ミステリー。

会社社長・石本は何者かに「殺してやる」と脅迫されていた。犯人捜しを依頼された小五郎の目の前で石本が銃で撃たれるが、弾丸は石本の後ろにいた来賓の代議士・高田の胸に当たり、高田は死亡。コナンはパーティー会場で挙動不審だった男が照明用の足場に立っているのを目撃する。狙撃トリックの謎を解く前後編の前編。

謎の狙撃者殺人事件・後編。狙撃という遠距離犯罪の特殊性と、銃の口径・弾道の角度をコナンが物理的に解析して犯人を特定する完結回。

旅芝居一座を巡る殺人事件・前編「旅芝居一座殺人事件」。地方を巡業する一座の人間関係と、舞台衣装・小道具という独特の環境が事件と絡む導入回。

旅芝居一座殺人事件・後編。コナンは舞台の演目と楽屋裏の動き、衣装の使い方から犯人を絞り込む。芸事の世界×ミステリーの完結回。

銀行で広田雅美の様子がおかしいことに気づいたコナン。直後に銀行強盗事件が発生し、犯人とガードマンも次々と殺害される。広田雅美の正体は黒の組織の宮野明美——妹とともに組織を抜ける条件として強盗を引き受けていた。灰原哀の姉・宮野明美が登場する重要回。