裏切りのステージ（後編）
放送当時の主題歌
あらすじ
裏切りのステージ・後編。コナンは演奏のタイミングと楽器の音色から、犯人だけが「裏で動けた時間」を割り出す。音楽×ミステリーの完結回。
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この回が予習になる劇場版 (4)
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黒の組織 (メインストーリー)
コナンの物語の根幹。新一を幼児化させた謎の犯罪組織と、その壊滅を目指す長期ストーリーライン。組織コードネームは酒の名前(ジン・ウォッカ・ベルモット・バーボン・キール等)で、ボスは『あの方』。FBI・公安・コナン陣営の三つ巴の戦い。
警察学校組
降谷零(安室透)・松田陣平・萩原研二・諸伏景光(スコッチ)・伊達航の警察学校5人組。松田・萩原・諸伏・伊達は本編で殉職しているが、警察学校編(TV第1029話以降)で生前のエピソードが順次描かれる。映画25『ハロウィンの花嫁』で各人の絆がストーリー化。
赤井ファミリー
FBI捜査官・赤井秀一を頭に、将棋棋士の弟・羽田秀吉、女装高校生探偵の妹・世良真純、元MI6で幼児化した母・メアリーからなる赤井家。父・赤井務武は行方不明。緋色シリーズ(779-783)、映画24『緋色の弾丸』で集結。
安室透・公安
公安警察の刑事・降谷零が、黒の組織にバーボンで潜入しつつ毛利小五郎の弟子・私立探偵としても活動する三重生活。風見裕也と共に公安エピソードを牽引。映画17『絶海の探偵』・映画22『ゼロの執行人』・映画25『ハロウィンの花嫁』でメイン級。